(一)年审
海关对代理报关企业实行年审制度，年审的目的是促进企业的自律性管理，提高代理报关服务水平，加强报关管理。年审的主要内容包括：企业的代理报关业务分析、报关差错及原因以及遵守海关各项规定的情况和内部管理情况。其年审时间为每年的1月—3月，办理注册登记不满1年的，当年度可不参加年审。已取得异地报关备案资格的，要凭报关注册海关的年审合格记录到备案海关办理年审。
(二)变更登记
代理报关企业如有变更名称、法定代表人、地址、企业性质或经营范围、注册资金及其他已在海关注册登记内容的，均应事先以书面形式报请报关注册海关核准，并办理变更登记手续。
