营运阶段的风险分为可控制的风险和不可控制的风险两种，可控制的风险是由于企业管理欠缺等原因造成的物流服务中出现的问题；而不可控制的风险是指由于意外事故或者不可抗力等原因造成的无法预料的风险，我们只对可控制竞争的风险进行分析。营运阶段从物流项目投产，可以提供服务开始算起，到整个物流服务合同终止的整个阶段，这个阶段是物流项目投资成败的关键阶段。物流企业在为客户提供物流服务过程涉及很多环节，任何一个环节出现差错都会直接影响整个物流系统的顺利运行，该阶段的风险主要表现在以下几个方面：
（1）客户方的原因带来的风险
在物流项目营运过程中，物流服务费用的获取是物流企业收入的惟一来源，因此物流项目开展过程中，客户信誉和经营状况直接影响到项目的经济风险。如果客户中途取消合同或者客户企业便装，为该客户进行专业化物流服务的前期投入不能及时收回，将给企业带来巨大经济损失。
（2）硬件设备的原因带来的风险
在物流服务过程中，完善的硬件设备是物流企业提供高效率、低成本的物流服务的前提。在企业运营过程中，除了会出现一些经常发生的设备故障而带来的风险外，还会出现一些经学发生的设备故障而不严的风险外，还会出现一些事先难以预料的事情，这些风险构成营运过程中的重要风险。
（3）管理人员的原因带来的风险
在整个物流系统的运作过程中，各个平静地之间的衔接都 在依靠物流企业的管理员进行协调，如果管理人员在工作中存在疏忽和失职，会导致服务率的降低，甚至会出现造成生命、财产等重大损失的事故。这种风险在物流项目实施过程中产生的影响应给予足够重视，因此对此类风险控制是整个物流系统顺利运行的保障。
